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En 2006 (soit 6 ans après le deuxième épisode, c'est pas rien dans un monde où la plupart des suites arrivent 2 ans après l'opus précédent), "Mission:Impossible " revient au ciné pour la 3^me fois !
Véritable renouveau de la franchise, le succès sera au rendez-vous !
Il faut dire que du succès, Tom Cruise en avait besoin ! Et certainement pas parce que ses précédents films étaient mauvais ou pas rentables (ce n'était pas le cas, ils étaient bons et ont cartonné). Non il en avait besoin parce qu'il a commencé à péter un boulon ou deux.

Mais reprenons du début.
En 2002, Cruise est à l'affiche d'un film en gestation depuis quelques temps : Minority Report !
Depuis des années lui et Spielberg projettent de mettre sur pieds ce film adapté de Philip K. Dick mais leurs emplois du temps respectifs ne s'accordaient pas .
Après M:I 2, Cruise décide de se focaliser sur ce projet qui lui tient à cœur et attends que Steven Spielberg ait fini son A.I.
Cela fait longtemps que Cruise veut tourner avec Spielberg ( qui est un ami) et les rendez-vous manqués ne remontent pas à hier ( Rain Man devait initialement être réalisé par le papa de E.T). Minority Report lui apportera deux choses au père Cruise : un succès public et critique (alors que niveau critique c'était assez la douche froide concernant M:I 2 ) et surtout la reconnaissance qu'il peut et veut se décoller de son image de héros parfait.
Jon Anderton , son personnage, est un drogué et subira divers outrage physique, un en particulier le rendant méconnaissable et moche : Cruise ose qu'on touche et qu'on maltraite son image ! Mieux, dans  La guerre des mondes, toujours de Steven Spielberg, il incarne un héros dépassé par les événements, capable de tuer de sang froid et pas vraiment un bon père de famille.
C'est à partir de ce film, en 2005, que tout commence à déraper. 

Premièrement, à l'époque, il entame une relation avec l'actrice Katie Holmes. Trèèèès expressif sur le sujet, il semble en faire des tonnes, se comporte comme un gamin idiot (alors oui l'amour rend idiot mais si ce comportement est excusable en privé, un professionnel comme lui devrait savoir quand arrêter : il ne l'a pas su).
Il entame aussi une campagne de pub pour la scientologie dont il est un membre imminent depuis de longues années. S'il n'a jamais caché son appartenance à la secte (d'autres acteurs hollywoodiens refusent mordicus d'avouer alors qu'ils font des donations assez conséquentes à l'Église de Xenu ), c'est la première fois qu'il en parle TOUT LE TEMPS !
La campagne marketing et promotionnelle de La Guerre des Mondes est uniquement axée là-dessus : Cruise ne promeut pas le film. Spielberg est furieux et refuse depuis lors de retourner avec lui. Officiellement, leur brouille n'est que professionnelle et sur le plan privé ils restent amis (Cruise a d'ailleurs visité le plateau de tournage de Super 8, film produit par Steven). De plus, Katie Holmes, à l'affiche de Batman Begins sorti presque au même moment, suit son petit Tom partout. Elle fait la promo d'un autre film que le sien : Christopher Nolan et les producteurs de Batman Begins estiment donc être lésés puisqu'elle n'est payée pour ça ! Ils envoient donc la facture à Steven Spielberg ! L'histoire ne dit pas s'il a lui-même transmis la facture à Tom Cruise mais connaissant papy Steven... Bref, Cruise en prend plein la gueule dans son image de marque auprès du public mais aussi auprès des têtes hollywoodiennes : car l'idée d'un M:I 3 trottait dans sa tête depuis bien avant 2005. 

Et le premier projet est tombé à l'eau à cause de la scientologie : à l'époque Cruise est célibataire et il serait bon pour son image de l'associer à une starlette. L'amour venant souvent sur un plateau (de tournage) , autant lancer des auditions.
Le projet M:I 3 initial devait être porté à l'écran par David Fincher sur un scénario de Frank Darabont ( Les évadés, La ligne verte,…) qui prenait place  principalement en Afrique du Sud et visait les réseau de trafic d'organes ( du glauque, parfait pour Fincher ! ).
Et c'est le drame : les auditions se passent mal  pour les actrices. Scarlett Johansson,par exemple,quitte les auditions quand il devient évident que ce n'est pas une actrice que l'on cherche mais une future ex-madame Cruise.
David Fincher décide de quitter le navire (j'adore Fincher mais c'est quelque chose qui lui arrive souvent ) pour "différents artistiques"( expression utilisée pour dire que le réalisateur voit échapper le contrôle au profit de la star, qui est aussi producteur)  : le projet est mis en stand-by, Cruise va tourner La Guerre des Mondes. Bref, sa réputation en a pris un coup ! Seul un miracle pouvait tenter de faire effacer tout ça !
Un gros miracle d'ailleurs, car la Paramount a alors en vue de continuer la saga sans l'acteur car, après tout, contrairement à James Bond, le nom d'Ethan Hunt n'incarne pas la série mais juste un agent au service de l'agence.

Lors du tournage de La Guerre des Mondes, Cruise découvre la série Alias. Une série d'espionnage alliant intrigue sophistiquée, personnage humain et gadgets géniaux. Il avoue avoir dévoré la 1^re  saison en un week-end. Cette série, créée par J.J Abrams est une révélation : il décide d'engager J.J Abrams pour écrire et réaliser Mission: Impossible 3 .

Pour réussir sa mission, Abrams engage deux des scénaristes avec qui il s'entendait fort bien sur Alias : Alex Kurtzman et Roberto Orci ( ces deux là écriront le Star Trek de Abrams également, et à trois ils co-créeront Fringe !).
Il décide ni plus ni moins que de réaliser Alias, le film ! Mais avec un héros masculin ! Il s'agit du premier film réalisé par Abrams (qui n'avait jusque là que réalisé pour la télévision ) et autant opérer en terrain connu.
Après s'être retiré du service actif pour avoir une vie privée qui ne serait pas parasitée par des missions autour du monde ( il faut dire que Ethan a rencontré LA fille et qu'il est fiancé), Hunt forme les futurs agents. Lorsque sa meilleure élève (qu'il considère comme sa petite sœur) est enlevée par l'organisation du mystérieux marchand d'arme Owen Davian, Ethan est rappelé par son supérieur pour mener une mission de sauvetage. Ce n'est que le début des emmerdes pour lui ! 

Ethan Hunt hérite donc d'une vie privée, ce qui donne de l'épaisseur à son personnage mais  crée aussi un enjeux dramatique personnel quand cette part de sa vie est menacée !
On retrouve aussi certains tics d'écriture ( comme la séquence d'ouverture pré-générique qui n'est là que pour faire se demander au spectateur comment on en est arrivé là. Question à laquelle le film doit répondre), Abrams avouera s'être auto-plagié pour écrire certaines scènes, comme celle de l'injection d'adrénaline directement dans le cœur (Alias et Fringe aussi ont eu droit à une telle séquence).

Abrams surtout revient au fondamental : Mission Impossible était une série centrée sur une équipe : son film le sera aussi ! Ethan Hunt, tout super agent qu'il soit, a besoin d'une équipe derrière lui, et si possible une avec qui il a des affinités. Ainsi c'est presque une famille qui se retrouve sur le terrain : cela permet d'intégrer des émotions entre les personnages et surtout de les rendre si bons sur le terrain car ils se connaissent, se charrient etc… Cela apporte un plus non négligeable surtout quand les acteurs sont bons, en particulier celui du vilain de l'histoire incarné par Philip Seymour Hoffman. Cruise sait s'entourer, pas de doute là-dessus ! Et encore une fois, il n'hésite pas à laisser son personnage en prendre plein la tronche.

Les séquences d'action et de suspenses sont nombreuses et efficaces : conscient de faire son premier film (et un gros budget en plus) Abrams décide de s'entourer lui aussi. Ainsi le réalisateur de seconde équipe est Vic Amrstrong, qui officiait sur les James Bond et le directeur photo est Dan Mindel qui a bossé avec Tony Scott, réalisateur d'action s'il en est ! 
À la musique, pas de super-stars de la partition ( Danny Elfman sur le premier, Hans Zimmer sur le second) mais un petit nouveau qui suit Abrams depuis Alias (et a bossé sur Lost et Fringe) Michael Giacchino. L'homme est connu pour avoir travaillé sur quelques films Pixar mais jamais sur un aussi gros morceau.
Et bien il fait honneur à la profession et livre la meilleur B.O de l'année 2006 et de la saga ! Petits plats dans les grands et réalisation sérieuse, M:I 3 permet à Cruise de regagner très vite le public et à J.J Abrams de s'imposer à Hollywood. Cruise ira jusqu'à dire de Abrams qu'il est le futur Spielberg ( et quand on voit Super 8 , force est de lui donner en partie raison !).
 Le film est aussi un jeu cinématographique car Abrams distille un nombre important de références aux précédents films de Tom Cruise ( ça va de Top Gun à Né un 4 juillet en passant évidemment par Mission : Impossible premier du nom).

Bon après, les patrons des studios n'ont pas oublié, eux, les dérapages de Cruise. Le studio Paramount coupe les ponts avec l'acteur et celui-ci s'offre alors son propre petit Studio, United Artists.
Il produira deux films avec lui en vedette mais ils n'auront pas le succès escompté ( Lions et agneaux et surtout Walkyrie qui ne trouvera pas son public malgré le fait qu'il soit d'une efficacité rare).
Mais cela a calmé Cruise et lui a permis de revenir petit à petit dans l'estime des dirigeants Hollywoodiens et surtout de la Paramount. Car c'est la Paramount qui détient la majorité des droits de Mission : Impossible, la saga refuge de Tom Cruise en cas de coup dur !